Contraloría General de la República · Remuneraciones y Derechos Funcionarios
Licencias Médicas
Los pronunciamientos de la Contraloría General de la República sobre Licencias Médicas, del más reciente al más antiguo.
Te escribimos cuando haya pronunciamientos nuevos sobre Remuneraciones y Derechos Funcionarios, que incluye Licencias Médicas, y con tu cuenta buscas entre todos describiendo tu caso.
Avísame de nuevos pronunciamientos sobre Remuneraciones y Derechos FuncionariosPronunciamientos
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El dictamen concluye que, durante el permiso de la ley SANNA, el subsidio reemplaza la remuneración y no procede pagar ambas, aunque el subsidio sea menor. Por eso el Hospital actuó correctamente al exigir la restitución de las remuneraciones pagadas.
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La Contraloría rechaza la reconsideración del dictamen N° 9.545 de 2013, confirmando que las licencias médicas no autorizadas, rechazadas o invalidadas constituyen ausencias injustificadas que impiden cobrar la cuota de la asignación del artículo 1° de la ley N° 19.490, y que en la asignación del artículo 83 del DFL N° 1 de 2005 corresponde descontar los días no trabajados.
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La Contraloría determina cómo registrar contablemente la variación de la UTM y los intereses de deudas por licencias médicas rechazadas: la UTM incrementa la cuenta 12101 Deudores contra ingresos patrimoniales, y los intereses se devengan en la cuenta 11508, traspasándose luego a la Tesorería General.
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La COMPIN solo informa técnicamente sobre la salud mental del funcionario sumariado cuando hay indicios claros de inimputabilidad ligados a los hechos investigados; no le corresponde resolver su imputabilidad administrativa, que proponen el fiscal y decide la autoridad disciplinaria.
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La Contraloría concluye que, rechazada o invalidada una licencia médica, el funcionario debe restituir los montos percibidos, sin que ello dependa del sumario, y que las ISAPRES no pueden compensar unilateralmente esos pagos, rechazándose las reconsideraciones.
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La Contraloría cambia su criterio: para computar los seis meses del artículo 151 de la ley N° 18.834 cuentan tanto las licencias médicas autorizadas como las rechazadas, salvo las exceptuadas por ley. Deja sin efecto el dictamen N° 60.302, de 2004, rigiendo solo hacia el futuro.
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La deuda por remuneraciones indebidamente percibidas antes del traspaso educacional queda radicada en el patrimonio municipal, pero como la funcionaria ahora depende del SLEPLP, la Municipalidad de Quinta Normal debe coordinarse con ese servicio para que efectúe los descuentos y luego ingresar los montos al municipio.
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La Contraloría concluye que no procede pagar ni compensar horas extraordinarias al personal de SUBTEL durante feriados, licencias o permisos con goce de sueldo, pues no existe norma legal expresa que lo autorice y no cabe aplicar por analogía la excepción del SENAPRED.
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La Contraloría aclara que las corporaciones municipales son entidades privadas cuyos empleados no son funcionarios públicos, por lo que no les aplican los artículos 156 y 157 de la ley N° 10.336. Concluye rechazando la reconsideración solicitada por CORMUMEL.
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La Contraloría precisa que el informe de la COMPIN sobre salud mental del inculpado solo se exige cuando existan indicios de inimputabilidad relacionados con la infracción investigada. Concluye que, en los casos de viajes al extranjero durante licencia médica, generalmente no procede requerirlo, sin perjuicio de lo que resuelva el fiscal.
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La Contraloría concluye que corresponde a la COMPIN o ISAPRE determinar si cursar estudios online durante una licencia médica constituye incumplimiento del reposo, sin perjuicio de la responsabilidad administrativa que la autoridad disciplinaria pueda establecer por los mismos hechos.
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El tema principal es si un exfuncionario de salud municipal puede postular al plazo extraordinario de la ley N° 21.724 para la bonificación de la ley N° 20.919, pese a haber cesado por salud incompatible. Se concluye que no procede, pues ya no cumple el requisito de renunciar voluntariamente a su cargo.
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La Contraloría aclara que la prohibición de anticipar o complementar remuneraciones con recursos públicos durante licencias médicas no se aplica a trabajadores regidos por las leyes N°s. 19.070, 19.378 y 19.464, quienes mantienen íntegras sus remuneraciones; sí se aplica a los regidos solo por el Código del Trabajo, incluidos los permisos maternales.
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La Contraloría concluye que la cédula vencida de un extranjero con residencia en trámite mantiene vigencia, por lo que puede enrolarse en el sistema de licencias médicas electrónicas cumpliendo los demás requisitos; la SUSESO debe adecuar su circular N° 3.830.
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La Contraloría complementa su dictamen anterior: aunque las COMPIN no pueden exigir directamente boletas de honorarios a los prestadores, desde la ley N° 21.746 sí pueden solicitar esa información al SII para fiscalizar licencias médicas.
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La Contraloría concluye que si el feriado se suspende por una licencia médica y queda una fracción inferior a diez días, el funcionario puede usarla igualmente, pues ello deriva de fuerza mayor y no de su voluntad, aplicando una excepción a la regla general.
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La Contraloría concluye que una licencia médica rechazada constituye ausencia injustificada y no permite computar esos días para la bonificación por calidad de satisfacción al usuario ni la asignación de productividad, por lo que procede el descuento y reintegro de los montos pagados erróneamente.
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La Contraloría concluye que, para pagar la diferencia por licencia médica pactada a honorarios, debe compararse el subsidio bruto con los honorarios brutos, sin deducciones previsionales ni de salud, aplicando así la excepción al criterio del FOSIS.
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La Contraloría concluye que el incentivo por desempeño colectivo no se paga a quien estuvo ausente por licencia médica o suspensión preventiva todo el año de cumplimiento de metas, pero sí a quien trabajó parte de ese año; y que la licencia médica o suspensión preventiva a la fecha de pago no impide cobrarlo, salvo la privación del 50% de remuneraciones por suspensión prorrogada.
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La Contraloría cambia su criterio: el plazo de seis meses de licencias médicas en dos años se cuenta desde que la jefatura pide el informe a la COMPIN, no desde la resolución de vacancia. Así, el cese por salud incompatible procede solo cumplidos ambos requisitos.
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La Contraloría instruye a los servicios públicos (excepto municipalidades) a reportar desde 2026, desagregados, los ingresos por percibir de licencias médicas devengados en años anteriores, mediante formato trimestral vía SIREF.
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La Contraloría concluye que una corporación municipal no puede usar recursos públicos para pagar íntegramente las remuneraciones de trabajadores con licencia médica, ni anticipar esos pagos ni otorgar montos superiores a los que fija la normativa vigente.
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La Contraloría concluye que la circular de la SUSESO sobre cotizaciones durante licencias médicas fue dictada dentro de sus atribuciones legales y no presenta ilegalidad ni arbitrariedad, por lo que desestima el reclamo.
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El dictamen concluye que el criterio del dictamen N° E121666, de 2025 —pagar horas extraordinarias solo si se realizaron efectivamente— se aplica desde el 19 de julio de 2025 al personal regido por los estatutos administrativos general y municipal, salvo que una ley expresa autorice lo contrario.
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La Contraloría concluye que el límite de dos períodos consecutivos de feriado del artículo 104 del Estatuto Administrativo sigue rigiendo desde 2023, sin excepción por licencias médicas o maternales, por lo que la actuación del CRS fue correcta.
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La Contraloría concluye que los ingresos del ISL por recuperación de licencias médicas deben integrarse a rentas generales de la Nación, pues las leyes de presupuestos 2024 y 2025 no lo eximieron de esa obligación.
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La ley N° 21.258 protege a los trabajadores con cáncer, pero no establece fuero laboral tras la remisión; la Contraloría concluye que no puede ampliarlo por vía interpretativa, pues requiere habilitación legal expresa.
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La Contraloría concluye que el MINEDUC actuó correctamente al descontar de las transferencias los gastos por licencias médicas docentes, pues el legislador presupuestario prohibió expresamente financiarlos con esos recursos durante 2023-2025, y el cálculo aplicado se ajusta a derecho.
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La Contraloría concluye que, como la funcionaria cesó en el cargo por renuncia voluntaria, el cobro de las remuneraciones indebidamente percibidas por licencias médicas rechazadas ya no puede hacerse por descuento, sino mediante un juicio ordinario de cobro de pesos ante los Tribunales de Justicia.
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La Contraloría concluye que no le corresponde autorizar a la ANID para declarar incobrables los créditos por licencias médicas impagas, pues esa facultad recae en los Ministerios del ramo y de Hacienda, sin perjuicio de las responsabilidades por el cobro tardío.
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La Contraloría concluye que el feriado de los asistentes de la educación debe usarse en la época fijada por el artículo 41 de la ley N° 21.109, sin que proceda trasladarlo o acumularlo por licencias médicas, salvo la excepción del inciso segundo.
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La Contraloría concluye que el Hospital Barros Luco no puede exigir a los médicos un certificado adicional de consulta al emitir licencias, pues la ley solo prevé esa acreditación ante una investigación de la Superintendencia de Seguridad Social.
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La Contraloría concluye que son las SEREMI de Salud —no la COMPIN— las que deben pagar el subsidio por licencias médicas de funcionarios afiliados a FONASA, por lo que la DGAC y DIPRECA deben cobrarles el reembolso. Además, no le corresponde autorizar el castigo de esas deudas.
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La Contraloría instruye cómo investigar y sancionar el uso indebido de licencias médicas, fijando reglas de imparcialidad, debido proceso y valoración de la prueba. Concluye que el fiscal no debe depender del inculpado y que las faltas graves a la probidad deben sancionarse con la medida legal específica.
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La Contraloría concluye que la invalidación del artículo 53 de la ley N° 19.880 no es un recurso administrativo, sino una potestad de revisión que la SUSESO debe conocer y resolver fundadamente si se solicita, aunque el procedimiento especial de la ley N° 20.585 no la contemple expresamente.
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La Contraloría concluye que la recuperación de licencias médicas no devengadas constituye un error contable que debe corregirse ajustando los saldos iniciales, cargando la cuenta 12192 contra Resultados Acumulados y compensando luego con la cuenta 21414.
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La Contraloría concluye que no hay irregularidad en la Municipalidad de La Pintana: los recursos recuperados por licencias médicas se identifican y transfieren al área correspondiente (Educación/Salud/Municipal), y solo pueden recuperarse de las CCAF respecto de funcionarios afiliados a ellas y regidos por las leyes N°s. 19.070 o 19.378.
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Los municipios pueden pagar la diferencia entre el subsidio de licencia médica y los honorarios de servidores a honorarios exentos de cotizar por la ley N° 21.133, siempre que coticen voluntariamente, pues solo así generan ese subsidio.
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La Contraloría concluye que el feriado docente debe usarse solo en enero-febrero o en la interrupción escolar, sin que la licencia médica permita gozarlo en otra época, confirmando la jurisprudencia administrativa previa.
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La COMPIN puede pedir fichas clínicas a los médicos para fiscalizar licencias médicas, pues son datos sensibles esenciales para su labor, pero no puede exigir bonos o boletas de honorarios. Debe resguardar la confidencialidad de esa información.
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La Contraloría concluye que la Dirección de Obras Hidráulicas puede exigir boleta de honorarios e informe mensual durante licencia médica para pagar la diferencia no cubierta por el subsidio, y que las retenciones son correctas; remite la desafiliación de la Isapre a la Superintendencia de Salud.
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La Contraloría concluye que, aunque la servidora a honorarios no tuvo licencias maternales ni recibió subsidio, el municipio debe pagarle la diferencia entre el subsidio que le habría correspondido y sus honorarios, por fuerza mayor no imputable a ella.
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La Contraloría reconsidera el dictamen de 1975 y concluye que el personal de Carabineros declarado con salud irrecuperable puede sumar los seis meses de licencia médica y los cuatro meses de sueldo en actividad antes de percibir su pensión, por no aplicarles el Estatuto Administrativo; en cambio, mantiene el dictamen de 1983 para Gendarmería.
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Las indicaciones médicas para teletrabajo no son vinculantes para la autoridad, sino un antecedente que esta debe ponderar al evaluar las modalidades excepcional o flexible de teletrabajo, aplicando criterios objetivos de igualdad y no discriminación.
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La Contraloría concluye que la Municipalidad de Copiapó debe pagar a la recurrente, trabajadora a honorarios, solo la diferencia entre el subsidio maternal que ella cobre directamente en FONASA y el total de sus honorarios, previa acreditación del monto del subsidio y de la cotización del 7%.
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La Contraloría concluye que no le corresponde revisar los aspectos técnicos de la decisión de la SUSESO que ratificó el rechazo de las licencias médicas, pues esta actuó dentro de sus competencias.
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La COMPIN solo evalúa la irrecuperabilidad de la salud del funcionario, no su compatibilidad con el cargo; si la declara recuperable, el alcalde puede igualmente declarar la salud incompatible.
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La Contraloría concluye que los funcionarios con licencia médica que conservan su calificación anterior sí tienen derecho a la bonificación de estímulo por desempeño de la ley N° 19.528, por lo que la SEC debe revisar el caso y regularizar el pago si corresponde.
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La Contraloría aclara que las licencias médicas del personal de Gendarmería adscrito a DIPRECA deben ser resueltas por la Comisión Médica Local de Gendarmería, no por la Comisión Médica Central de Carabineros, y complementa así el dictamen N° E266596 de 2022.
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El MOP debe ajustar el reconocimiento contable de remuneraciones pagadas en exceso por licencias médicas rechazadas según si la condonación del artículo 67 de la ley N° 10.336 es total, parcial, rechazada o extemporánea, manteniendo transitoriamente el saldo en Depósitos Previsionales hasta que Contraloría resuelva, y enterar en Rentas Generales los fondos recuperados.